A partir de então, a equipe retornou a disputar torneios oficiais na cidade de São Paulo, sendo vice-campeão carioca de 🍉 1994, o segundo colocado no torneio da temporada.
O São Paulo conquistou o acesso à Copa Libertadores de 1994 e o 🍉 vice-campeonato brasileiro de 1998.
Em 1999 o clube disputou o primeiro Campeonato Brasileiro sob o comando de Oswaldo de Oliveira ao 🍉 lado do São Paulo FC.Em 2001 o clube foi
campeão da segunda divisão do Brasileiro, no fim do acesso da equipe 🍉 à primeira divisão.
Atualmente o São Paulo disputa a Série C em suas divisões de base até 2019, a Série D 🍉 de 2020 e a Série G de 2021.
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